Digitalizace ordinace se obvykle probírá jako téma zdravotnické – eRecept, elektronická dokumentace, sdílený zdravotní záznam. Účetní a administrativní stránka provozu přitom prošla stejně velkou proměnou, jen tišeji a po malých krocích.

Výsledkem je stav, kdy část povinností už dávno plníte elektronicky, aniž byste o tom přemýšleli, jiná část je stále dobrovolná a další teprve přijde. Prošli jsme to podle toho, co pro Vás dnes platí a co se vyplatí udělat dřív, než to bude muset být.

Datová schránka: brána, kterou už používáte povinně

Datová schránka je dnes pro podnikající fyzickou osobu i pro s.r.o. základní komunikační kanál se státem. Jakmile je zpřístupněna ze zákona, váže se na ni povinnost činit formulářová podání elektronicky.

Prakticky to znamená daňové přiznání, přehledy, oznámení a další formuláře týkající se Vaší činnosti. Nestačí je vytisknout a odnést na úřad.

Papírové přiznání Vás může stát 1 000 Kč

Pokud podáte formulář v listinné podobě tam, kde má být elektronicky, správce daně Vás nejprve vyzve k nápravě. Když ji neprovedete, může udělit pokutu 1 000 Kč.

Není to zničující částka, ale je zbytečná. A signalizuje širší problém – ordinace, která posílá papír, obvykle nemá vyřešené ani to, kdo datovou schránku pravidelně kontroluje. Zpráva doručená do datové schránky se považuje za doručenou i tehdy, když se do ní nikdo nepodívá.

Doklady po konci EET: volnost neznamená nepořádek

Elektronická evidence tržeb skončila 1. ledna 2023 zákonem č. 458/2022 Sb. Se systémem zanikla nejen evidenční povinnost a povinnost vystavovat účtenky, ale i všechny navazující povinnosti – informační oznámení v ordinaci, ochrana autentizačních údajů i certifikátu.

Ordinace vybírající hotovost za nehrazené výkony tak dnes nemá povinnost tržbu nikam odesílat. Povinnost tržbu správně zaevidovat pro účely daně z příjmů ale zůstala, a s ní i běžná praxe: příjmový pokladní doklad, pokladní kniha, doklad pro pacienta.

Nejčastější slabina, kterou v ordinacích vídáme, je právě hotovost. Není nikde zaznamenaná průběžně, dohledává se zpětně z paměti a rozdíl mezi pokladnou a evidencí se objeví až při zpracování přiznání.

Jak dlouho doklady uchovávat

Lhůty se liší podle typu dokladu a podle toho, jestli vedete účetnictví, nebo daňovou evidenci:

• účetní doklady u účetní jednotky – 5 let od konce účetního období, kterého se týkají
• daňové doklady u plátce DPH – 10 let od konce zdaňovacího období, ve kterém se plnění uskutečnilo
• mzdové listy pro účely důchodového pojištění – 45 kalendářních roků následujících po roce, kterého se týkají, podle § 35a zákona č. 582/1991 Sb. U poživatelů starobního důchodu je lhůta 10 let
• doklady k daňové evidenci – po dobu lhůty pro stanovení daně, která se prodlužuje například podanou ztrátou nebo zahájenou kontrolou

Ta poslední položka bývá podceňovaná. Lhůta pro stanovení daně není pevná tříletá hranice a v konkrétních situacích se posouvá dál.

Skenování a likvidace papíru

Doklady lze uchovávat elektronicky a papírové originály zlikvidovat. Má to ale podmínky. U převedeného dokladu musí být zajištěna věrohodnost původu a neporušenost obsahu – v praxi uznávaným elektronickým podpisem, elektronickou pečetí nebo kvalifikovaným časovým razítkem, případně spolehlivou vazbou dokladu na plnění.

Sken v telefonu odložený do složky na disku tuto podmínku nesplňuje. Při kontrole pak nemáte ani elektronický doklad, ani originál. Pokud chcete papír z ordinace opravdu odstranit, je to rozhodnutí, které se má nastavit jednou a pořádně.

DPH v ordinaci: kdy osvobození nestačí

Většina lékařů žije v představě, že se jich DPH netýká. Ve výchozím stavu je to pravda – zdravotní služby jsou podle § 58 zákona o DPH osvobozeny. Osvobození ale platí jen tehdy, když má výkon léčebný účel nebo chrání lidské zdraví.

Výkony, které osvobozené nejsou

Do osvobození nespadají zejména:

• posudky a prohlídky pro účely řidičského nebo zbrojního průkazu
• posudky pro potřeby soudu
• prohlídky a posudky pro pojišťovny, například k určení rozsahu poškození zdraví
• výstupní prohlídky zaměstnanců

Tyto výkony jdou do obratu pro účely DPH. U ordinace, která dělá pracovnělékařské služby, posudky pro dopravní podniky nebo estetické zákroky ve větším rozsahu, se to sečte rychleji, než by čekala.

Dva limity obratu

Od roku 2025 se obrat sleduje za kalendářní rok, nikoli za dvanáct po sobě jdoucích měsíců. Limity jsou dva:

• 2 000 000 Kč – plátcem se stáváte od 1. ledna následujícího roku
• 2 536 500 Kč – plátcem se stáváte hned následující den po překročení

V obou případech je nutné podat přihlášku, respektive oznámení, do 10 pracovních dnů od překročení. Právě tato lhůta bývá zdrojem problémů, protože překročení si nikdo nevšimne v okamžiku, kdy nastane.

Mzdová agenda je dnes elektronická z podstaty

Od roku 2026 podávají všichni zaměstnavatelé jednotné měsíční hlášení zaměstnavatele. Podává se výhradně elektronicky, ve formátu datové věty, prostřednictvím mzdového softwaru, datové schránky nebo ePortálu ČSSZ – a to ve lhůtě od 1. do 20. dne následujícího měsíce.

Pro ordinaci se sestrou na částečný úvazek to znamená konec ručně vyplňovaných formulářů. Buď máte mzdový software, nebo mzdovou agendu zpracovává někdo, kdo ho má.

Elektronické zdravotnictví není elektronické účetnictví

Tyto dva světy se často zaměňují a je dobré je držet oddělené. Od 1. ledna 2026 mají poskytovatelé zdravotních služeb povinnost dodržovat standardy elektronického zdravotnictví vydané Ministerstvem zdravotnictví podle zákona č. 325/2021 Sb. Spustil se Národní portál elektronického zdravotnictví, kmenové registry a sdílený zdravotní záznam. Elektronické žádanky zůstaly zatím dobrovolné.

Účetní ani daňové povinnosti z toho ale neplynou. Zdravotnický informační systém a účetní software řeší jiné věci a jejich propojení je vždy věcí nastavení, ne zákona. Kde propojení dává smysl, je fakturace zdravotním pojišťovnám a napojení bankovního účtu – tam se ušetřený čas projeví okamžitě.

Co přijde: povinná e-fakturace podle ViDA

Evropská pravidla směřují k povinné elektronické fakturaci ve strukturovaném formátu. Harmonogram je zatím vzdálený, ale jasný:

• 1. července 2030 – povinnost pro přeshraniční plnění mezi podnikateli z různých států EU
• 1. ledna 2035 – povinnost i pro vnitrostátní plnění

Česká republika vlastní národní povinnost B2B e-fakturace zatím nezavedla. Pro běžnou ordinaci to zní jako vzdálená budoucnost a do jisté míry je. Podstatné je, že se změní podoba faktury – strukturovaný formát místo PDF v příloze e-mailu. Kdo dnes fakturuje z účetního systému, tuto změnu prakticky nepocítí. Kdo fakturuje z textového editoru, ano.

Pět kroků, kterými začít

• Určete, kdo kontroluje datovou schránku a jak často. Ideálně s upozorněním na e-mail.
• Zaveďte pořádek v hotovosti. Pokladní kniha vedená průběžně, ne dohledávaná zpětně.
• Ověřte, zda všechny Vaše výkony spadají pod osvobození od DPH, a pokud ne, sledujte obrat.
• Rozhodněte o papíru. Buď doklady archivujete v papírové podobě, nebo nastavíte plnohodnotný elektronický archiv – ne obojí napůl.
• Vyjasněte, kdo podává měsíční hlášení za zaměstnance a do kdy.

Žádný z těchto kroků není technicky náročný. Náročné je udělat je vedle plné ordinace.

Přesně proto existujeme. Vedeme účetnictví pro lékaře digitálně od začátku do konce, včetně daňové agendy a komunikace s úřady. Rozsah a ceny najdete v ceníku.

Chcete vědět, kde konkrétně ve Vaší ordinaci vzniká zbytečná administrativa? Domluvte si bezplatnou konzultaci – projdeme to s Vámi bez závazku.